สร้างในปลายรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวในสมัยดินแดนตากใบยังคงเป็นของรัฐกลันตัน ท่านพระครูโอภาสพระพุทธคุณ (พุด) เป็นผู้ที่ได้เริ่มก่อตั้งวัดนี้ขึ้นและต้องไปขอที่ดินเพื่อที่จะสร้างวัดจากพรยากลันตัน ภายในอุโบสถมีภาพจิตรกรรมฝาผนังซึ่งเขียนโดยฝีมือพระภิกษุชาวสงขลางดงามมาก วัดชลธาราสิงเหยังเป็นวัดที่มีความสำคัญทางประวัติศาสตร์ของชาติ เนื่องจากเป็นโบราณสถานที่รัฐบาลไทยได้หยิบยกเป็นเหตุผลอ้างอิง ในการปกปันเขตแดนในปี ๒๔๔๑ ที่มีผลไม่ให้ดินแดนส่วนนี้ถูกผนวกเข้าในเขตของประเทศมาเลเซีย จึงได้สมญานามว่า “วัดพิทักษ์แผ่นดินไทย”